После сокрушительной кампании планеты Гамилас Земля превратилась в бледную тень себя прежней. Многочисленные стычки между земными и гамиласскими кораблями, а также беспощадные удары астероидных бомб превратили поверхность планеты в безжизненную пустошь, непригодную для жизни. Немногочисленные выжившие скрываются в подземных городах, страшась, что радиация, разъедающая поверхность, однажды проникнет и в их укрытия.Когда надежда почти угасла, на Марсе разбивается странный корабль. Внутри обнаруживают послание с планеты Искандар: если человечество сумеет воспользоваться приложенными чертежами волнового двигателя и совершить путешествие протяжённостью в 148 000 световых лет до Искандара, правительница планеты, Старша Искандар, предоставит устройство, способное восстановить природную среду Земли.Не имея иного выбора, человечество бросает все силы на осуществление этого отчаянного плана. Некогда величественный линкор времён Второй мировой войны «Ямато» переоборудуют в космический боевой корабль с варп-двигателем, и отборный экипаж отправляется в опасную миссию, чтобы спасти умирающую планету.