Земляне празднуют триумф после возвращения легендарного линкора «Ямато», а его экипаж теперь окружён ореолом героев. В то же время на гамиланцев обрушивается бедствие, которое не оставляет им выбора: их родной мир разрушается на глазах, и каждый день промедления грозит полным исчезновением расы. Абердт Деслер, умелый стратег и лидер своего народа, решается на отчаянный шаг — он инсценирует покорность перед властями суровой планеты Галман, чьи обитатели почти неотличимы от гамиланцев. Однако за этим спектаклем скрывается дерзкий план: Деслер намерен перехватить контроль над Галманом, чтобы обеспечить спасение собственной цивилизации. Но едва начинается массовое переселение, как на гамиланцев обрушивается атака неизвестной и чудовищной мощи, которая вдобавок полностью преображает Искандар — мир королевы Старши, двойник их собственной планеты.

На Земле в это время формируется новый состав флота: к «Ямато» приставляют свежий набор новобранцев, а в поддержку ему отправляются два новых корабля под командованием Юки Мори и Сиро Санады. Настроение в экипаже далеко не безоблачное — далеко не все согласны с курсом, который выбрал капитан Сусуму Кодай, и его прошлые решения вызывают споры. Во время шестимесячной учебной миссии и дипломатического визита к гамиланцам «Ямато» узнаёт о постигшей их катастрофе. Не в силах оставаться в стороне, Кодай принимает решение, которое идёт вразрез с полученными приказами: он разворачивает флот к Искандару, чтобы спасти тех, кто пережил колоссальное бедствие. Этот выбор способен навсегда изменить расстановку сил, но цена помощи может оказаться слишком высокой для самого Кодая.