Прошло три года с того момента, как экипаж «Ямато» вернулся домой с далёкой Искандер. Земля, восстановленная после страшных катастроф, сумела заключить перемирие с Гамилусом, однако хрупкий мир оказался лишь ширмой. Вместо того чтобы прислушаться к голосам тех, кто выступал за спокойствие, человечество выбрало путь военной мощи: на верфях один за другим сходят новые корабли, а флагманом нового оборонительного флота становится грозная «Андромеда». Старша, некогда искавшая мира, теперь наблюдает, как её идеалы тонут в гонке вооружений.

Легендарный линкор, который когда-то подарил людям надежду, вновь оказывается втянут в водоворот событий. Его отправляют на задание, которое должно укрепить «мирное» положение дел, но цена такого спокойствия оказывается слишком высокой — каждая миссия уносит жизни, заставляя экипаж сомневаться в правильности выбранного пути. В то время как на Земле нарастает напряжение, в глубинах космоса пробуждается древняя сила. Тереза, божественная сущность, что веками молилась за гармонию между мирами, обращается к команде «Ямато» с мольбой о помощи. Её зов звучит как предупреждение: тень Гатлантиса, безжалостной цивилизации, уже раскинулась по галактике и неумолимо приближается к голубой планете.

Теперь судьба Земли снова висит на волоске. Экипажу предстоит оставить позади сомнения и отправиться в плавание, где на кону стоит не просто победа, а само существование человечества. Возвращение «Ямато» знаменует начало новой битвы, где любовь и жертва становятся единственным оружием против тьмы.