Аркадия» — не просто линкор. Его построил старый друг Харлока, гениальный учёный. Корабль способен в одиночку противостоять целому флоту, а ещё он будто бы живёт своей жизнью и не раз выручал команду без приказа. Но за этим могуществом скрывается тайна, о которой капитан предпочитает молчать.

Сюжет разворачивается вокруг секрета «Аркадии» и её создателя. Прошлое Харлока и его погибшего товарища всплывает наружу, когда корабль сталкивается с угрозой, связанной с его происхождением. Фильм раскрывает отношения капитана с тем, кто подарил ему эту машину, и цену, которую пришлось заплатить за её создание.

Картина представляет собой расширенную версию тринадцатого эпизода сериала «Замок смерти океанской ведьмы». Здесь глубже показаны характеры и мотивы героев, а также добавлены сцены, которых не было в оригинальной серии. История держится на контрасте между холодным космосом и тёплой памятью о дружбе.