В 220X году мир опутан сетью радиоволновых технологий, и перемещение по Волновой дороге стало обыденностью. Субару Хосикава, ученик пятого класса, всё ещё переживает гибель отца в космической катастрофе. Однажды он сталкивается с инопланетной радиоволной по имени Уор-Рок, которая спустилась с далёкой планеты FM. Пришелец утверждает, что знает что-то об отце Субару, но за ним самим охотятся другие внеземные существа.

Субару и Уор-Рок вынуждены работать вместе. Сливаясь, они превращаются в Мегамена — радиоволнового героя, способного перемещаться по Волновой дороге. Ему предстоит сражаться с радиоволновыми вирусами и представителями FM-цивилизации, угрожающими Земле.

Аниме снято студией Xebec по мотивам одноимённой игры и продолжает традицию серии Rockman, но с уклоном в фантастику о радиоволнах.