В 2066 году Республика Хонтворл выходит из ООН без объяснения причин. Скандал в международной организации ставит под угрозу безопасность всего мира. Вскоре столица Триада, город Мьори, подвергается атаке летающей крепости в форме птицы, которую называют Король-Черепаха.

Международная научная организация ISO во главе с доктором Кодзабуро Намбу получает задание разобраться с противником. Одновременно ведущие учёные ISO начинают исчезать один за другим. Пятеро воинов Научного отряда ниндзя, известных как Гатчамен, вновь собираются вместе, чтобы докопаться до истины.

С момента последней схватки с Берг Катце и его организацией Галактор прошли годы. Кэну Васио, он же Орёл, предстоит выяснить, сможет ли он снова привести команду к победе над этой силой зла.